Esta causa es el origen de una o varias causas inmediatas que dan como resultado un accidente, al eliminar la causa raíz normalmente se elimina por completo el riesgo de que pueda ocurrir otro accidente del mismo tipo.
En las causas raíces existe falta de factores de control y del sistema administrativo, son las causas reales detrás de los síntomas y las razones principales por las cuales se dieron las prácticas o condiciones inseguras/insalubres. La identificación de estas, ayuda a un mejor control administrativo de los riesgos y peligros.
Ejemplo de estas: falta de conocimiento, falta de habilidad, estándares deficientes, etc.